Cada punto del gráfico representa el promedio de las intensidades de 2 espectros.
El método de partición seleccionado fue hierarchical k-means clustering, posteriormente las observaciones se representaron usando análisis de componentes principales; las dimensiones 1 y 2 explican cerca del 80% de la variación total de los datos.
Se puede observar una separación en dos clusters no superpuestos. Si bien la homogeneidad de dichos clusters no es total, se genera una separación de los dos grupos altamente satisfactoria.
Uniprot_link_2423. Fragmento. Interpro_link_2423
Uniprot_link_2417. Fragmento.
Uniprot_link_2416. Fragmento.
Cada punto del gráfico representa el promedio de las intensidades de 2 espectros.
El método de partición seleccionado fue hierarchical k-means clustering, posteriormente las observaciones se representaron usando análisis de componentes principales; las dimensiones 1 y 2 explican cerca del 85% de la variación total de los datos.
La separación origina dos clusters altamente homogeneos.
Uniprot_link_3595. Fragmento. Uniprot_link_Homolog_3595.
Uniprot_link_3597. Fragmento. Interpro_link_Homolog_3597.
Uniprot_link_2579. Fragmento.
Uniprot_link_2575. Fragmento. Uniprot_link_Isoform_2575.
Uniprot_link_2585. Fragmento.
Cada punto del gráfico representa el promedio de las intensidades de 2 espectros.
El método de partición seleccionado fue hierarchical k-means clustering, posteriormente las observaciones se representaron usando análisis de componentes principales; las dimensiones 1 y 2 explican cerca del 78% de la variación total de los datos.
Se puede observar una separación en dos clusters no superpuestos. Si bien la homogeneidad del cluster Tto (turqueza) no es absoluta, sólo uno de los replicados del grupo Basal cae dentro de este cluster.
Uniprot_link_3003. Fragmento. Uniprot_link_Isoform_3003
Uniprot_link_3005. Fragmento. Uniprot_link_Isoform_3005
Uniprot_link_2826. Fragmento.
Uniprot_link_2830. Fragmento. Uniprot_link_Isoform_2830
Uniprot_link_2833. Fragmento. Uniprot_link_Isoform_2833
La red intenta mostrar la relación existente entre los 15 picos discriminantes de cada uno de los distintos modelos BDA probados. Las referencias de los nombres de los modelos son los siguientes: NIAP.wt.bda.Basal (Línea celular NIAP.wt, algortimo BDA y el pico que tiene asociado está diferencialmente presente en el grupo Basal). Los valores de los picos se dividieron por 10, se redondearon y se multiplicaron por 10; de esta forma los valores de picos en la red en realidad cubren un intervalo de 10 Da.
Los colores muestran aquellos picos discriminantes que se me mantienen entre las distintas líneas celulares y condiciones. Puede verse que sólo la condición Tto (tratamiento) comparte picos entre las distintas líneas celulares, estos picos están remarcados con color rojo.
El intervalo 2440 (corresponde a los picos 2444 y 2440) es compartido por las líneas celulares PANC y NIAP.wt, mientras que el intervalo 2350 (corresponde a los picos 2351 y 2352) es compartido por las líneas celulares PANC y NIAP.kd. EL intervalo 3270 (corresponde a los picos 3267 y 3268) es compartido por las líneas NIAP.kd y NIAP.wt
Uniprot_link_3271. Uniprot_link_Isoform_3271. Fragmentos.
Uniprot_link_2353. Uniprot_link_Homolog_2353. Fragmento.